ที่แกนกลางของแซนแทนกัมมีสายโซ่โพลีแซ็กคาไรด์อยู่ แกนหลักประกอบด้วยหน่วยกลูโคสที่เชื่อมโยงเข้าด้วยกันผ่านพันธะไกลโคซิดิก -1,4 เพื่อสร้างสายโซ่เส้นตรงยาว โครงสร้างเชิงเส้นของแกนหลักนี้ให้โครงสร้างที่มั่นคงสำหรับโมเลกุลทั้งหมด ทำให้สามารถรักษาการจัดเรียงระหว่างโมเลกุลและความสมบูรณ์ของโครงสร้างภายในสารละลายที่เป็นน้ำได้ แกนหลักที่มั่นคงนี้เองที่ช่วยให้แซนแทนกัมมีความหนืดที่โดดเด่นและคุณสมบัติทางรีโอโลจีที่ดีเยี่ยม แม้ที่ความเข้มข้นต่ำ โมเลกุลแซนแทนซึ่งขยายจากหน่วยกลูโคสจำเพาะไปตามกระดูกสันหลังนี้ประกอบด้วยสายโซ่ด้านข้างไตรแซ็กคาไรด์ที่ประกอบด้วยมานโนส กรดกลูโคโรนิก และมานโนส กรดกลูโคโรนิกที่ตกค้างภายในสายด้านข้างเหล่านี้มีหมู่คาร์บอกซิล (–COOH) ซึ่งสามารถสร้างเกลือด้วยไอออนของโลหะ-เช่น โซเดียม โพแทสเซียม หรือแคลเซียม- โดยจะเปลี่ยนกรดแซนแทนเป็นแซนแทนกัม โซ่ด้านข้างเหล่านี้ไม่เพียงแต่เพิ่มโครงสร้างสเตอริกของโมเลกุลและความสามารถในการละลายเท่านั้น แต่ยังทำให้แซนแทนกัมมีคุณสมบัติของไหลที่ไม่ใช่แบบนิวตันอีกด้วย ซึ่งหมายความว่าสารละลายมีความลื่นไหลเพิ่มขึ้นเมื่อถูกกวนหรือแรงเฉือน แต่ยังคงความสม่ำเสมอเมื่อปล่อยทิ้งไว้
หมู่คาร์บอกซิเลทภายในแซนแทนกัมเป็นศูนย์กลางการทำงานของโมเลกุล ด้วยการสร้างพันธะไอออนิกกับไอออนของโลหะ แซนแทนกัมจึงมีความต้านทานต่อกรด เบส และเกลือ รวมถึงความเสถียรทางความร้อนในระดับหนึ่ง กลุ่มเกลือเหล่านี้เสริมความเสถียรของโมเลกุลในสภาพแวดล้อมที่เป็นน้ำ ทำให้สามารถรักษาโครงสร้างคอลลอยด์ไว้ภายใต้สภาวะที่ซับซ้อน ขณะเดียวกันก็ให้ฟังก์ชันที่หลากหลาย รวมถึงการอิมัลชัน สารแขวนลอย และการทำให้ข้นขึ้น ด้วยเหตุนี้ แซนแทนกัมจึงทำหน้าที่เป็นโพลีแซ็กคาไรด์โพลีแซ็กคาไรด์และเกลือเชิงฟังก์ชัน-ไปพร้อมๆ กัน ซึ่งมีคุณค่าและการใช้งานที่สำคัญทั่วทั้งภาคส่วนอาหาร ยา เครื่องสำอาง และอุตสาหกรรม
